Halligan a fost membru al Blood, Sweat and Tears la primele patru albume. El a cântat la trombon pentru albumul de debut din 1968 „Child is Father to the Man”, apoi la clape şi flaut la al doilea album, intitulat „Blood, Sweat and Tears”, după ce co-fondatorul Al Kooper a părăsit grupul. 

Halligan a rămas în formaţie şi la alte două albume, înainte de a pleca în 1971. Prima sa compoziţie pentru film a fost la „The Owl and the Pussycat” cu Barbra Streisand, film lansat în 1970 pe când încă era membru al Blood, Sweat and Tears.

Halligan a compus muzică pentru lungmetraje precum „Go Tell the Spartans” (1978), „A Force of One” (1979), „The Octagon” (1980), „Cheaper to Keep Her” (1981) şi „Fear City” (1984). Recent, a compus pentru „Licorice Pizza”, care are o coloană sonoră o melodie pe care a compus-o împreună cu Clayton-Thomas, „Lisa, Listen to Me”, care a fost lansată ca single de pe al patrulea album Blood, Sweat and Tears. În ultimii ani, Halligan a scris cartea „Musical Being”, care a fost adaptată într-un spectacol one-man show.