Limitele ascultării de duhovnic sunt, în primul rând, păcatul şi erezia. Indiferent de autoritatea unui îndrumător duhovnicesc, de statura lui morală sau de poziţia pe care ar avea-o în structurile instituţionale ale Bisericii, ucenicul are dreptul să refuze a mai asculta de duhovnicul său când acesta îl îndeamnă a păcătui sau a crede în învăţături eterodoxe. Este bine însă ca, într-o astfel de (nedorit) situaţie, respectivul ucenic să se adreseze superiorilor acelui duhovnic, prezentându-le problema întâmpinată. Asta, pe de o parte, pentru a fi sigur, printr-o eventuală confirmare a unei autorităţi bisericeşti, că a sesizat în mod corect acele abateri la duhovnicul său, iar pe de altă parte, pentru a înştiinţa pe cei care pot lua măsurile adecvate într-o astfel de situaţie. Abuzul de autoritate al duhovnicului se poate face şi în alte privinţe, care nu sunt la fel de grave, dar care sunt nefireşti, privite prin prisma rolului pe care un astfel de îndrumător de suflete este chemat să şi-l asume înaintea lui Dumnezeu şi a oamenilor. Spre exemplu, există, uneori, tendinţa din partea duhovnicului de a controla viaţa ucenicului în aspecte care nu ţin de competenţa sa directă, cum ar fi a indica acestuia ce facultate să urmeze, cu cine să se căsătorească, cu cine să voteze etc. Sigur că duhovnicul poate aborda cu ucenicul şi astfel de subiecte, dar orice povaţă a sa trebuie să fie făcută doar cu scopul de a orienta pe ucenic, din perspectiva mântuirii.

Duhovnicul are un rol foarte important şi în dobândirea discernământului duhovnicesc. Când Îl vom crede mai mult pe Dumnezeu decât pe noi înşine, când vom crede mai mult cuvintelor Sale decât stărilor noastre sufleteşti sau gândurilor proprii, atunci se va milostivi Domnul şi ne va face darul acesta minunat care aduce discernerea duhurilor şi dreapta socoteală. Duhovnicul este cel în faţa căruia ne validăm această lucrare. Prin mărturisirea noastră în Taina Spovedaniei şi prin solicitarea de sfat duhovnicesc putem evita înşelarea care pândeşte pe tot omul (Sfântul Ignatie Briancianinov). Se poate uneori să avem impresia că împlinim voia lui Dumnezeu, tot aşa precum cei care L-au răstignit pe Mântuitorul credeau despre ei înşişi asta. Să punem însă la încercare această "încredinţare" a noastră, bazându-ne nu pe mintea noastră, ci pe cuvântul primit în Taina pocăinţei.

A fi duhovnic înseamnă în primul rând a fi părinte duhovnicesc. Dar asta nu exclude, într-o oarecare măsură, calitatea de prieten. Problema e că noţiunea de prietenie, aşa cum e înţeleasă mai ales în limbajul lumii de azi, este asociată cu ideea de părtăşie cu o altă persoană – inclusiv şi în cele mai puţin bune sau chiar în cele ce ţin de sfera păcatului. De aceea, reperul aici este cuvântul pe care-l rosteşte Mântuitorul nostru Iisus Hristos către ucenicii Săi: "Voi sunteţi prietenii Mei, dacă faceţi ceea ce vă poruncesc. De acum nu vă mai zic slugi, că sluga nu ştie ce face stăpânul său, ci v-am numit pe voi prieteni, pentru că toate câte am auzit de la Tatăl Meu vi le-am făcut cunoscute" (Ioan 15, 14-15). În lumina acestor cuvinte, se poate vorbi despre relaţia duhovnicească şi ca despre o relaţie de prietenie.